西藏活佛转世制度是西藏佛教上层为解决西藏地方佛教领袖人物的继承问题而建立的一种独特的制度。

这种制度产生之前，西藏社会政教合一的普遍形式是各教派与一个地方封建主直接结合而生存。例如西藏萨迦派（花教）就是以世俗贵族昆氏家族为主创立起来的，他们的宗教首领，在该家族中按世袭制度即父子或兄弟传承。也有的教派则以师弟或师徒相传承。但这两种传承往往容易引起纷争。

13世纪中叶，噶玛噶举派为了同萨迦派进行斗争，维护本派利益和取得更大的政治权力，最初创立了活佛转世的办法，出现了红帽系和黑帽系活佛的两个转世系统。宗喀巴大师创立的格鲁派（黄教）严禁僧侣娶妻生子，为了巩固和发展以独立经济为基础的黄教寺庙集团，便广泛开始采用活佛转世办法，后来逐渐就形成了一种著名的制度。

格鲁派最先确立的是达赖和班禅两大活佛转世制度。此后，黄教各大小寺庙均效法沿袭，于是出现了很多很多大大小小的转世活佛。几乎每一座黄教寺庙都有自己的活佛，有的寺里还不止一位。青海塔尔寺的活佛最多时曾达83位。

当然，活佛虽然很多，但其中影响力和号召力最大的是四大活佛，首先是达赖喇嘛和班禅喇嘛，另外两位分别是掌管内外蒙古佛教事务的章嘉活佛和哲布尊丹巴活佛，其次是名册记载于清政府理藩院档案中的各大小呼图克图（满语意为转世之人），包括前面的四大活佛共有144位。

转世活佛，藏语称为“朱古”，蒙古语称为“呼毕勒罕”，涵“自在转生、再来人”之意，它是以佛教的灵魂不灭与生死轮回的学说为依据而产生的。根据这种思想，活佛圆寂后一两年内，就要投生于某一个人家，变成一个小男孩，这个小男孩就是转世灵童。那么，历来西藏政界、佛教界是如何寻找转世灵童的呢？

一是依照前世活佛临终时的遗嘱或暗示，如九世班禅却吉尼玛临终时，预言来世将转生为一位既聋又哑的妇人之子。他圆寂后寻找人员依循遗嘱到处寻找，备尽艰辛后，终于在青海循化县温都乡寻得一男婴，其生母即为一又聋又哑的牧妇，这位男婴就是后来著名的十世班禅额尔德尼却吉坚赞。

更多情况下转世灵童的甄选是由拉萨附近的四大“拉穆吹忠”，即哲蚌寺、甘丹寺、桑耶寺和拉木错湖畔的曲科甲寺的四大护法，作法降神卜卦，让神明降附于神卜，说明或暗示灵童出生的方向和线索。这种降神大典举行时极其隆重，诵经声、鼓乐声震耳欲聋，并燃起气味浓郁的树脂；降神者会逐渐进入昏迷状态，乃至浑身剧烈地痉挛，不停地跳动，待念经和奏乐停止，有人前去向已为护法神附体的降神者提出问题，一旁的司笔则忙碌地记录下神喻。

除了上述两种方式外，还有到加查县的拉木错湖去看吉祥天女的显影。有时，当大风骤起，湖面会出现某些幻影，寻找灵童的人员就根据这些线索前去寻访。

有时，某地会出现有奇异征兆的孩童，高僧们也会去按址寻访。还有的时候，一些孩子会自己找上门来，要求回到自己前世所在的寺院，要求承认自己是转世化身。

根据这种线索寻找大活佛的转世灵童的过程是极其严密的。派出大批前往西藏、青海等藏族地区的寻访人员都会带着去世活佛的一些遗物，让孩童认领；有时还会问一些高深的问题，来观察孩童的反应。如果这位孩子通过了种种难题，并毫不犹豫地认出前世活佛使用过的物品，就算是灵童。不过一般的小活佛没有这种繁琐严密的寻找程序。

寻找转世灵童，一般每次都要选出好几名灵童，再确定最后人选。历史上，这种承继方式有时会受到大喇嘛和大贵族的操纵，或四大护法神卜弄假作弊，往往也是弊病丛生，如第六世、第七世达赖喇嘛就发生过真伪之争的纠纷。

为了防止西藏上层集团借活佛转世谋私的现象，清政府乾隆帝于1792年颁发金本巴瓶并规定–凡在理藩院注册的蒙藏大活佛，包括达赖、班禅、章嘉、哲布尊丹巴四大活佛，选出的灵童都要通过金瓶抽签法来确定最后人选。金瓶共有两个，一个放在北京雍和宫，另一个放在拉萨大昭寺。最终需要确定灵童时，由理藩院尚书在雍和宫，或是由驻藏大臣在大昭寺监督抽签掣定，此后逐渐成为定制。

但有时遇到特别具有灵异的灵童，也可以由西藏呈请中央政府，特准免于抽签。如九世、十三世、十四世达赖喇嘛和十九世章嘉活佛等均未采用金瓶抽签法。